TY - JOUR AU - Imelfort, M. AU - Edwards, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - De novo sequencing of plant genomes using second-generation technologies JO - Brief Bioinform VL - 10 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbp039 DO - 10.1093/bib/bbp039 ID - Imelfort2009 ER - TY - JOUR AU - Boetzer, M. AU - Henkel, C. V. AU - Jansen, H. J. AU - Butler, D. AU - Pirovano, W. PY - 2011 DA - 2011// TI - Scaffolding pre-assembled contigs using SSPACE JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq683 DO - 10.1093/bioinformatics/btq683 ID - Boetzer2011 ER - TY - JOUR AU - Edwards, R. A. AU - Olsen, G. J. AU - Maloy, S. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Comparative genomics of closely related salmonellae JO - Trends Microbiol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1016/S0966-842X(01)02293-4 DO - 10.1016/S0966-842X(01)02293-4 ID - Edwards2002 ER - TY - JOUR AU - Chevreux, B. AU - Pfisterer, T. AU - Drescher, B. AU - Driesel, A. J. AU - Müller, W. E. G. AU - Wetter, T. AU - Suhai, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Using the miraEST assembler for reliable and automated mRNA transcript assembly and SNP detection in sequenced ESTs JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1917404 DO - 10.1101/gr.1917404 ID - Chevreux2004 ER - TY - JOUR AU - Pop, M. AU - Phillippy, A. AU - Delcher, A. L. AU - Salzberg, S. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Comparative genome assembly JO - Brief Bioinform VL - 5 UR - https://doi.org/10.1093/bib/5.3.237 DO - 10.1093/bib/5.3.237 ID - Pop2004 ER - TY - JOUR AU - Gnerre, S. AU - Lander, E. S. AU - Lindblad-Toh, K. AU - Jaffe, D. B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Assisted assembly: how to improve a de novo genome assembly by using related species JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-8-r88 DO - 10.1186/gb-2009-10-8-r88 ID - Gnerre2009 ER - TY - JOUR AU - Boucher, Y. AU - Cordero, O. X. AU - Takemura, A. AU - Hunt, D. E. AU - Schliep, K. AU - Bapteste, E. AU - Lopez, P. AU - Tarr, C. L. AU - Polz, M. F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Local mobile gene pools rapidly cross species boundaries to create endemicity within global Vibrio cholerae populations JO - MBio VL - 2 UR - https://doi.org/10.1128/mBio.00335-10 DO - 10.1128/mBio.00335-10 ID - Boucher2011 ER - TY - JOUR AU - Matthews, T. D. AU - Edwards, R. AU - Maloy, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Chromosomal rearrangements formed by rrn recombination do not improve replichore balance in host-specific salmonella enterica serovars JO - PLoS ONE VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0013503 DO - 10.1371/journal.pone.0013503 ID - Matthews2010 ER - TY - JOUR AU - Matthews, T. D. AU - Maloy, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Fitness effects of replichore imbalance in salmonella enterica JO - J Bacteriol VL - 192 UR - https://doi.org/10.1128/JB.00649-10 DO - 10.1128/JB.00649-10 ID - Matthews2010 ER - TY - JOUR AU - Gao, S. AU - Sung, W. -. K. AU - Nagarajan, N. PY - 2011 DA - 2011// TI - Opera: reconstructing optimal genomic scaffolds with high-throughput paired-end sequences JO - J Comput Biol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2011.0170 DO - 10.1089/cmb.2011.0170 ID - Gao2011 ER - TY - JOUR AU - Barton, M. D. AU - Barton, H. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Scaffolder - software for manual genome scaffolding JO - Source Code Biol Med VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1751-0473-7-4 DO - 10.1186/1751-0473-7-4 ID - Barton2012 ER - TY - JOUR AU - Galardini, M. AU - Biondi, E. G. AU - Bazzicalupo, M. AU - Mengoni, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - CONTIGuator: a bacterial genomes finishing tool for structural insights on draft genomes JO - Source Code Biol Med VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1751-0473-6-11 DO - 10.1186/1751-0473-6-11 ID - Galardini2011 ER - TY - JOUR AU - Van Hijum, S. A. F. T. AU - Zomer, A. L. AU - Kuipers, O. P. AU - Kok, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Projector 2: contig mapping for efficient gap-closure of prokaryotic genome sequence assemblies JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki356 DO - 10.1093/nar/gki356 ID - Van Hijum2005 ER - TY - JOUR AU - Assefa, S. AU - Keane, T. M. AU - Otto, T. D. AU - Newbold, C. AU - Berriman, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - ABACAS: algorithm-based automatic contiguation of assembled sequences JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp347 DO - 10.1093/bioinformatics/btp347 ID - Assefa2009 ER - TY - JOUR AU - Vezzi, F. AU - Cattonaro, F. AU - Policriti, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - e-RGA: enhanced reference guided assembly of complex genomes JO - EMBnet J VL - 17 UR - https://doi.org/10.14806/ej.17.1.208 DO - 10.14806/ej.17.1.208 ID - Vezzi2011 ER - TY - JOUR AU - Margulies, M. AU - Egholm, M. AU - Altman, W. E. AU - Attiya, S. AU - Bader, J. S. AU - Bemben, L. A. AU - Berka, J. AU - Braverman, M. S. AU - Chen, Y. -. J. AU - Chen, Z. AU - Dewell, S. B. AU - Du, L. AU - Fierro, J. M. AU - Gomes, X. V. AU - Godwin, B. C. AU - He, W. AU - Helgesen, S. AU - Ho, C. H. AU - Ho, C. H. AU - Irzyk, G. P. AU - Jando, S. C. AU - Alenquer, M. L. I. AU - Jarvie, T. P. AU - Jirage, K. B. AU - Kim, J. -. B. AU - Knight, J. R. AU - Lanza, J. R. AU - Leamon, J. H. AU - Lefkowitz, S. M. AU - Lei, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors JO - Nature VL - 437 ID - Margulies2005 ER - TY - JOUR AU - Overbeek, R. AU - Begley, T. AU - Butler, R. M. AU - Choudhuri, J. V. AU - Chuang, H. -. Y. AU - Cohoon, M. AU - de Crécy-Lagard, V. AU - Diaz, N. AU - Disz, T. AU - Edwards, R. AU - Fonstein, M. AU - Frank, E. D. AU - Gerdes, S. AU - Glass, E. M. AU - Goesmann, A. AU - Hanson, A. AU - Iwata-Reuyl, D. AU - Jensen, R. AU - Jamshidi, N. AU - Krause, L. AU - Kubal, M. AU - Larsen, N. AU - Linke, B. AU - McHardy, A. C. AU - Meyer, F. AU - Neuweger, H. AU - Olsen, G. AU - Olson, R. AU - Osterman, A. AU - Portnoy, V. PY - 2005 DA - 2005// TI - The subsystems approach to genome annotation and its use in the project to annotate 1000 genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki866 DO - 10.1093/nar/gki866 ID - Overbeek2005 ER - TY - JOUR AU - McElroy, K. E. AU - Luciani, F. AU - Thomas, T. PY - 2012 DA - 2012// TI - GemSIM: general, error-model based simulator of next-generation sequencing data JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-74 DO - 10.1186/1471-2164-13-74 ID - McElroy2012 ER - TY - JOUR AU - Kurtz, S. AU - Phillippy, A. AU - Delcher, A. L. AU - Smoot, M. AU - Shumway, M. AU - Antonescu, C. AU - Salzberg, S. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Versatile and open software for comparing large genomes JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-2-r12 DO - 10.1186/gb-2004-5-2-r12 ID - Kurtz2004 ER - TY - JOUR AU - Needleman, S. B. AU - Wunsch, C. D. PY - 1970 DA - 1970// TI - A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins JO - J Mol Biol VL - 48 UR - https://doi.org/10.1016/0022-2836(70)90057-4 DO - 10.1016/0022-2836(70)90057-4 ID - Needleman1970 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - Edwards, R. A. AU - Haggerty, J. M. AU - Cassman, N. AU - Busch, J. C. AU - Aguinaldo, K. AU - Chinta, S. AU - Vaughn, M. H. AU - Morey, R. AU - Harkins, T. T. AU - Teiling, C. AU - Fredrikson, K. AU - Dinsdale, E. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Microbes, metagenomes and marine mammals: enabling the next generation of scientist to enter the genomic era JO - BMC Genomics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-600 DO - 10.1186/1471-2164-14-600 ID - Edwards2013 ER - TY - JOUR AU - Schadt, E. E. AU - Turner, S. AU - Kasarskis, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - A window into third-generation sequencing JO - Hum Mol Genet VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddq416 DO - 10.1093/hmg/ddq416 ID - Schadt2010 ER - TY - JOUR AU - Van Hijum, S. A. F. T. AU - Zomer, A. L. AU - Kuipers, O. P. AU - Kok, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Projector: automatic contig mapping for gap closure purposes JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gng144 DO - 10.1093/nar/gng144 ID - Van Hijum2003 ER - TY - JOUR AU - Helm, R. A. AU - Maloy, S. PY - 2001 DA - 2001// TI - Rapid approach to determine rrn arrangement in salmonella serovars JO - Appl Environ Microbiol VL - 67 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.67.7.3295-3298.2001 DO - 10.1128/AEM.67.7.3295-3298.2001 ID - Helm2001 ER - TY - JOUR AU - Darling, A. E. AU - Mau, B. AU - Perna, N. T. PY - 2010 DA - 2010// TI - ProgressiveMauve: multiple genome alignment with gene gain, loss and rearrangement JO - PLoS ONE VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011147 DO - 10.1371/journal.pone.0011147 ID - Darling2010 ER -